Trois enfants, les jumeaux Simon et Jared Grace et leur soeur aînée Mallory, emménagent avec leur mère dans une antique demeure à l’abandon, ayant jadis appartenu à un grand-oncle. Dès la première nuit, de mystérieux bruits sont entendus et des objets disparaissent. Le lendemain, Jared découvre, dans les combles de la maison, une chambre secrète et poussiéreuse et met la main sur un mystérieux manuscrit: "Le guide d’Arthur Spiderwick du monde merveilleux qui vous entoure". L’enfant ne se doute pas un seul instant qu’en ouvrant ce très vieux livre, il va réveiller un monde magique peuplé d’étranges bestioles.